服务介绍
很多时候，蛋白质表达后，并不是最终形式功能的形态，需要在特定条件下酶切后发生作用。另外，有一部分蛋白质在体内或者体外存储的过程中还会发生自然的降解，脱去部分氨基酸。因此，弄清楚具体的酶切位点或者降解位点，对于我们更好的了解生物功能的机制，蛋白质的稳定性和指导蛋白质的表达，都具有意义。
质谱法（Mass Spectrometry, MS）用于蛋白质降解位点分析是一种强大的技术，能够精准地识别蛋白质在降解过程中发生的特定变化。通过质谱分析，可以捕捉到蛋白质在降解过程中的肽段、氨基酸残基以及可能的修饰，另外通过蛋白子结构预测，识别可能得降解信号区域，进而确定降解位点。
 
技术路线

蛋白质降解位点鉴定技术原理图

蛋白质降解位点结构预测图

  1. 样品准备
  蛋白质提取和纯化：首先从细胞或组织中提取总蛋白质，进行纯化以确保分析的准确性。
  降解反应：将蛋白质在特定的降解条件下（如蛋白酶、热处理、化学降解等）处理，以诱导降解反应的发生。
  2. 降解产物分析
  SDS-PAGE分离：SDS-PAGE胶分离目标蛋白质，并确定蛋白质大致分子量。
  蛋白质裂解：通过酶解（如胰蛋白酶或其他特定酶）将降解的蛋白质分解成较小的肽段，这些肽段更易于通过质谱进行分析。
  质谱分析：使用质谱仪（如LC-MS/MS）分析这些肽段，记录其分子质量、肽段的序列信息以及结构修饰。
  3. 数据分析
  肽段识别：通过分析质谱数据，确定哪些肽段对应于降解后的产物。这些肽段的序列可以帮助定位蛋白质的降解位点。
  降解位点的定位：根据肽段的序列信息，结合降解前后蛋白质的变化，可以确定降解发生的具体位置。例如，如果某一肽段未出现或者分解为较小的片段，这可能意味着降解位点的存在。
  4. 定量分析
  相对丰度分析：通过质谱中的峰面积或强度，定量分析不同肽段的相对丰度，从而推测降解过程的动态变化，帮助确定蛋白质降解的速率和降解位点的相对重要性。
  5. 蛋白质结构预测
  相对丰度分析：通过如AlphaFold等深度学习系统，能够从氨基酸序列中准确预测蛋白质的三维结构，在识别降解信号区域、揭示结构功能关系、预测蛋白-蛋白相互作用等方面为蛋白质降解位点分析提供了重要的结构信息，促进了我们对蛋白质降解机制的理解。
  6. 蛋白质修饰的研究
  后翻译修饰（PTMs）：质谱可以同时识别降解过程中发生的后翻译修饰（如磷酸化、泛素化等），这些修饰可能会影响蛋白质的稳定性和降解位点。
 
  通过以上步骤，质谱法能够精确地揭示蛋白质在降解过程中的关键变化，帮助我们理解蛋白质降解的机制，尤其是在细胞应答、疾病发生和治疗研究中的应用。
 
技术优势
l  高灵敏度和高分辨率： 质谱技术能够精确检测低丰度的肽段和小分子修饰，帮助识别蛋白质的降解位点
l  定性和定量分析： 质谱不仅能确定肽段的氨基酸序列，还能通过比较不同样本的肽段丰度，定量分析蛋白质的降解程度
l  多重修饰检测： 质谱能够同时识别蛋白质上的多种翻译后修饰，如磷酸化、泛素化等，这对于研究降解信号的识别和调控机制至关重要
 
应用方向
l  降解信号识别： 通过分析蛋白质的氨基酸序列和空间结构，质谱法有助于识别和验证降解信号序列，为理解蛋白质降解机制提供线索
l  在开发靶向蛋白降解的药物过程中，质谱法用于验证药物对目标蛋白降解的效果，评估其在细胞内的活性
l  通过比较健康与疾病状态下的蛋白质降解模式，质谱分析有助于揭示疾病相关的降解异常，为诊断和治疗提供依据
 
样品要求
l  样品需要量在~20μg；
l  纯度最好能达到95%以上；
l  Buffer中不要使用表面活性剂，并尽可能降低溶液的盐浓度。
 
注意事项
l  请使用足量的干冰运输，并尽量选用较快的邮递方式，以降低运输过程中样品降解的可能性。
 
项目报告
l  实验步骤
l  质谱参数
l  质谱谱图
l  蛋白质降解位点的详细信息
 
蛋白质降解位点鉴定一站式服务
l  您只需下单-寄送样品
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