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SimGlycan软件
SimGlycan是一款能够从质谱数据中进行糖型结构预测的综合软件。

软件简介:

SimGlycan是一款由Premier Biosoft公司开发的基于质谱数据来高通量的析聚糖和糖肽的结构软件,目前的版本为SimGlycan® 5.93
 

软件特点:

1. 支持数据广泛:可支持thermo、waters、AB sciex、岛津、安捷伦、bruker等多家质谱仪所产生的数据,并且支持行业内标准通用的文件格式(如mzXML,mzML,mzData,文本格式(.txt)以及Microsoft Excel(.xls));
2. SimGlycan软件拥有大型的聚糖和糖肽的数据库,共包含9,964个聚糖、22,814个糖蛋白,其中包含6826种已知生物来源的多糖和5874种已知分类的多糖,并且数据库在不断更新中;

                                       图1:SimGlycan数据库

 
3. 多糖的定性:SimGlycan软件可将质谱数据与数据库中的理论谱图进行匹配,生成候选结构列表,进行打分与排序,并给出蛋白质ID名称来源分类种类多肽序列多肽质量等信息,以及糖的分类、反应、路径和酶等信息;
4. SimGlycan可以支持多级质谱数据(MSn),MSn技术是异质性,分支结构和寡糖异构体的重要的解决策略,它可以识别具有类似特征碎片离子类型的多糖,在MS/MS谱中无法区分,而随着MS(n)的增加,进一步生成的碎片离子变得具有结构特异性,有助于对选定结构的详细表征;


 
                          图2:SimGlycan对多级质谱数据的支持
 
5. 支持多糖的定量: SimGlycan软件可支持稳定同位素标记如带有C12C13的2-AA、TMT标记的蛋白质组学工作流程,实现多糖的定量;
6. 支持用户自主绘制结构:SimGlycan 允许用户绘制和编辑多糖和糖肽。单糖、肽链或如HSO3和Etn的取代基可以添加或删除,分支点和端基连接(anomeric linkage)可点击按键来修饰。每步,绘制结构的裂解使用户可以比较实验和理论数据,用户可见该修饰是否使理论上的多糖更接近于实验数据。这一功能对 解析多糖结构有很大帮助,特别是在没有目标多糖数据的情况下。
 

SimGlycan软件是在糖组学分析领域的强大工具,与其他的糖组学分析软件如Byonic联合使用,可以构建完整糖肽分析解决方案。明德正康拥有SimGlycanByonic系列软件的代理资格,为您提供完整的糖肽解决方案。

 


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