Byonic软件
软件试用申请：solution@e-omics.com
Protein Metrics Inc是一家不断发展中的公司，总部位于美国San Carlos，CA，公司的目标是使研究人员和实验室获得准确的科学见解并助力新的临床诊断和药物研究。我们认为蛋白质分析不应受到软件的限制，因此，Protein Metrics提供中立软件平台为客户处理LC-MS和CE-MS等的数据，该平台兼容所有仪器供应商数据，并可以生成格式统一的报告。我们创新的蛋白质组学和生物制药开发流程已经被绝大多数全球Top 50的生物制药公司所采用。Protein Metrics通过软件和服务为客户提供了高质量的数据结果，为客户节省了大量时间和精力。未来，Protein Metrics将为中国客户提供优质软件和服务，为大家擦亮蛋白质表征的天空！
北京明德正康医学研究有限公司作为Protein Metrics Inc在中国大陆的唯二代理商之一，将为客户提供Protein Metrics Inc全系列软件技术支持，软件购买和软件升级咨询，已经相关的技术服务。如有相关需求，请给我们发邮件：solution@e-omics.com，我们将7*24h为您提供服务。
其主要的优势有：
它可执行自上而下（Top-down）和自下而上（bottom-up）的搜索策略；
对于翻译后修饰的精细搜索策略，可同时兼容几十种修饰设置，且可同时兼顾搜索效率；
独特而强大的Wildcard Search功能，可执行对未知修饰的搜索，从而对新修饰的发现提供帮助；
一如既往强大的糖肽搜索功能；
二硫键与交联鉴定；
序列变异的搜索与修饰位点的定位；
几乎支持目前市面上常见的所有数据类型，如CID, TOF-TOF, QTOF HCD, ETD/ECD, EThcD等。 
无论是对于复杂的大规模蛋白质组学的分析还是单个的蛋白分子分析，通过质谱法来进行样品分析的实验中的谱图识别问题一直都是其重难点之一。我们有如de novo测序、数据库搜索、谱图库搜索等一系列的策略，可以用来实现不同的实验目标。而就目前来看，大分子的多肽样品倾向于从肽键处有规律断裂，使得基于数据库搜索的方法仍旧是最常用、最好用的策略。那么，与同样基于数据库搜索策略的软件，Mascot、SEQUEST等著名的搜索引擎相比，Byonic有哪些独有的优势呢？
Byonic软件是一个专门用来鉴定串联质谱所得的多肽与蛋白序列的软件。Byonic软件的特点是针对多肽复杂的修饰搜索进行了专门的优化，不仅可以用来搜索多种组合的修饰类型，更可以通过“Wildcard Search™”的模式来搜索一定范围内的未知修饰，当然，Byonic的糖肽搜索的功能更是一如既往的强大。本文着重介绍Byonic软件所独有的特点与功能。
Byonic的特点：
Preview：Byonic软件具有一个配套的工具——“Preview ™”，它可以通过进行初始快速搜索的方式，来估算一批质谱原始数据中的质量误差、酶切特异性和修饰情况，可以此对m/z进行校正并输出校正后的MGF文件，用户可以使用校正后的MGF文件来进行后续的Byonic或其他搜索引擎的搜索。“Preview ™”的使用可以消除系统误差。让用户以更为严格的参数进行数据库搜索，解决因质量极为接近而引起的无法分辨的问题。
对多肽修饰的精准搜索： Byonic的常用的修饰设置有fixed, common, rare, N-terminal, C-terminal, Nglycan等形式，fixed代指固定修饰，如在蛋白质组学中常见的烷基化修饰C[+57.021], fixed，而后可以通过设置常见修饰（common）和稀有修饰（rare），common1表示每条多肽允许发生一次这个修饰，而common2则表示允许每条多肽发生两次这个修饰。Rare则表示罕见修饰，用户可以通过设置不同的修饰组合的形式，比如更多的指定为rare修饰，可以在不大幅牺牲搜库速度的情况下，可以实现在一次Byonic运行中搜索10-20种翻译后修饰类型，这是目前市面上其他的常见的搜索引擎都无法达到的。精细的搜索设置，既可以尽可能多的设置用户感兴趣的修饰类型，又能避免修饰类型组合爆炸带来的假阴性问题。
Wildcard Search： 它可以允许由用户自己来设定一个修饰的范围（如-50-100Da），在这个范围内，Byonic将会进行以1Da的步长且每条肽段允许出现一次wildcard修饰的方法进行搜索。Wildcard Search既可以搜索到已知但未设置的修饰，也可以用来发现未知修饰，为新修饰的发现工作提供帮助。
糖肽的搜索 ：糖肽的搜索和鉴定一直是Byonic的强项，软件可实现全自动搜索N-linked和O-linked的多糖而无需用户提前预知糖基化位点或聚糖质量。在Byonic提供的Glycans选项卡中，用户可以以三种方式来灵活的设置糖肽的搜索，首先是“Enter glycan database(s)”方法，软件提供了人类或哺乳动物聚糖的数据库等形式可供选择；其次是“Enter specific glycan(s)”方法，提供了6种最常见的单糖形式即，HexNAc, Hex, Fuc, Pent, NeuAc, NeuGc，允许用户每次编辑一种糖链形式，可用来搜索用户指定的未知的糖型；最后一种形式为“Enter custom glycan text in fine control format”，允许用户通过黏贴等方式写入符合Byonic规则的糖链形式以用来搜索。
其他：Byonic软件还有许多用心设计的小特点，满足用户更复杂而“高级”的需求。如，在“Advanced”选项卡中，用户可以根据其仪器以及原始下机数据的类型，来选择是否人为更改母离子的电荷分配情况；而在多肽的分值选项卡中，用户则可以通过手动选择Byonic分数卡值来对PSMs进行过滤，如使用高精度仪器产生的数据可适当降低分数卡值，而使用如wildcard搜索时则需要适当提高分数阙值；“Create focused database”选项卡为Byonic搜索提供了一个“first search”的类似功能，为更加精确的FDR计算和更加复杂的翻译后修饰搜索提供帮助。
除了以上我们的示例外，Byonic软件的其他使用和应用领域，也期待用户们去探索与发现。在软件的使用过程中，诸位用户若发现任何的疑惑或问题，可以与我们联系（Email：solution@e-omics.com）,作为Protein Metrics Inc(PMI)的中国区代理，北京明德正康科技有限公司竭诚为您服务。
References：
1. Bern M, Kil YJ, Becker C. Byonic: advanced peptide and protein identification software. Curr Protoc Bioinformatics. 2012;Chapter 13:Unit13.20. doi:10.1002/0471250953.bi1320s40
软件试用申请：solution@e-omics.com
Protein Metrics Inc. (PMi)是一家定位技术促进产业发展的公司，总部位于美国San Carlos，CA。PMi的核心产品之一——蛋白质质谱数据检索软件Byonic——是蛋白质糖基化分析中使用最广泛的软件之一，独有的糖库与糖碎片表征，得到了客户的广泛认可。基于该数据检索核心算法，PMi开发了完整的生物药表征解决软件方案与生物制药开发流程方案。该方案已被全球Top 50的生物制药公司所采用，为客户提供了高质量的数据结果，节省了大量时间和精力。
