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宏蛋白质组学
应用场景
  宏蛋白质组学( Metaproteomics )是通过对微生物群落中的蛋白质进行高通量定性和定量分析,结合生物信息学的手段在分子水平上揭示微生物种群与共生协作关系的一种组学技术。宏蛋白质组学能应用于很多领域的研究,比如活性淤泥中的微生物,海洋微生物,土壤中的微生物,发酵食品中的微生物,肠道微生物,粪便、黏膜腔等。
  宏蛋白质组学可以把微生物群落的基因信息和功能信息进行关联,可以揭示环境中的微生物共生,体系内酶功能之间的协作关系,对于不同环境的宏蛋白质组学分析可以用于捕捉新的功能基因和代谢途径、鉴定与特异性胁迫有关的蛋白质。宏蛋白质组学联合宏基因组学数据可以更好的揭示环境群落分类多样性、功能多样性和生物过程。

应用领域

数据分析体系
  在严格实验过程质控的基础上,我们将非标定量技术、高效液相色谱分级技术以及基于质谱的定量蛋白质组学技术等一系列前沿技术的有机结合,对样本进行定量宏蛋白质组学的研究。结合我们最近整合的宏蛋白质组学生信分析方案,为您呈现完整的数据分析结。



数据化可视呈现
 
数据质量评价
包含样品相关性热图、相关系数矩阵图、聚类热图、主成分分析图、箱线图、小提琴图、密度图,通过这些QC图可以了解实验前处理和分析仪器状态是否达到要求。

蛋白质的功能注释分析
包括了GO、KEGG、eggNOG和CAZy功能注释,它们分别从基因本体功能、代谢途径、基因直系同源关系、功能酶类等角度对目标蛋白质进行了阐释说明。

差异蛋白质分析
包含韦恩图、火山图、聚类热图、PLS-DA分析图、蛋白质互作网络图

堆叠柱状图从Kingdom、Phylum、Class、Order、Family、Genus、Species不同水平对蛋白质进行物种分类注释;和弦图则展示了物种及其功能的关系。

LEfSe分析
用于组间群落差异物种分析,并寻找具有统计学意义的生物标志物(Biomarkers),LEfSe分析通常包含LDA值分布图、进化分支图以及biomarker物种相对丰度柱状图;ROC曲线图则是对所筛选生物标志物预测能力的评价。


样品制备要点
【污染控制】:样本不能有污染,实验过程中用到的器械、容器等必需保证洁净。
【一致性原则】:每例样本取样的部位、方式、预处理方法需要保持一致,采样的时间控制在同一时间范围内。
【快速原则】:请务必提前设计准备好实验和材料,快速取样和分装。
【低温原则】:在采集、处理过程中,请冰上操作,干冰运输样本.
【分装原则】:为避免样本反复冻融,建议样本采集后立即进行分装.用于不同检测的样本,需预先分别分装、包装好。

  
样品要求
【胃肠液类】带食物残渣的样品≥10g/管,纯肠胃液的≥5ml
【土壤、活性污泥类】每管样品≥10g
【水类】已经过滤完后的滤膜
【传统发酵类】带杂质的样品每管≥50ml,已经处理过的上清≥15ml


项目报告
● 实验步骤
● 液相/质谱参数
● 质谱谱图
● 蛋白质的鉴定定量信息
● 生物信息分析

 
蛋白质组学一站式服务
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